Bilgisayar Mühendisliği Doktora Programı'nın isterleri resmi ders yükünü tamamlama, doktora yeterlik sınavını başarma, bir doktora tez önerisini savunma ve doktora tezini başarılı savunmadan oluşur. Yüksek lisans derecesi ile doktora programına giren öğrenciler için resmi ders yükü 21 kredi saatlik ders, lisans derecesi ile doktora programına giren öğrenciler için ise 42 kredi saatlik ders gerektirir. Bütün doktora adayları en az 12 kredi saatlik ders yükünü bilgisayar mühendisliği lisansüstü dersleri ile tamamlamalıdır. Kalan ders yükü lisansüstü danışman onayı ile diğer lisansüstü programlardan tamamlanabilir.